⑴　Ｘの主張⑴について
　Ｘは、Ｙが会社法299条1項に基づく株主総会の招集通知をＸに発しないで本件株主総会を開催し、本件各決議を行ったことが招集手続の瑕疵に当たると主張する。
　しかし、Ｙは、本件株主総会を開催するに際して議決権行使の基準日を定めておらず（中略）、このような場合、株主総会の招集通知は、その発送の時点において株主名簿に記載又は記録されている株主に対して発送すれば足り、招集通知の発送後、その株主総会の開催までに株式譲渡により株式を取得した株主がいたとしても、当該株主に改めて招集通知を発送する必要はないと解される。なぜなら、招集通知の発送後の株式の譲受人は、譲渡人の認識を通じて株主総会開催の事実を了知して自らの権利を確保することが可能であるからである。そして、Ｙは、平成31年4月23日付けで、Ａを含む同日時点の株主名簿上の株主全員に本件招集通知を発送しているから（中略）、本件株主総会の招集手続に瑕疵はないというべきである。
　さらに、仮に、本件株主総会の招集手続に瑕疵があるとしても、会社法299条1項の趣旨は、株主に株主総会出席の機会と準備の機会を与える点にあるから、株主全員が株主総会の目的事項を了知して出席した場合には、いわゆる全員出席総会として株主総会は適法に成立するというべきである（最判昭和60年12月20日第二小法廷判決・民集39巻8号1869頁参照）。
　そして、株主作成の委任状に基づき選任された代理人が出席することにより、株主全員が出席したこととなる株主総会において決議がされたときは、当該株主が会議の目的事項を了知して委任状を作成し、かつ、当該決議が会議の目的事項の範囲内のものである限り、当該決議は有効に成立すると解するべきである。
　Ｙは、平成31年4月23日に、Ａ及び本件株主らに対し、本件招集通知を発送し、いずれの株主に対しても同月24日に到達しているところ（中略）、ＡはＸ代表社員であるから、Ｘは本件株主総会開催日及び目的事項を了知した上で株式を譲り受けたといえる。そして、本件株主総会には、議案を了知して委任状を作成しこれに基づいて選任された代理人を含む株主全員が出席し、議決権を行使しているから（中略）、本件株主総会は、いわゆる全員出席総会として適法であるというべきである。
　なお、Ｘは、本件株主総会への出席株主はＸ代表社員ではなくＡであると主張する。しかし、Ｙは本件株主総会開催に際して基準日を設けなかったため（中略）、本件株主総会当日時点における株主名簿に登載された株主を出席株主として取り扱うべきであることは明らかである。そして、本件株主総会前日の令和元年5月7日にＡからＸ代表社員への株主名簿書換えが完了した以上（中略）、Ａは、Ｘ代表社員として本件株主総会に出席したものと解するほかない。また、本件株主らが本件招集通知所定の方法で委任状を提出したこと及び本件株主らの代理人としてＤが出席して、委任状記載の目的事項の範囲内で議決権を代理行使したことは、前提事実⑻のとおりである。
　したがって、仮に、本件株主総会の招集手続に瑕疵があるとしても、本件株主総会は、全員出席総会として適法に成立しているから、上記瑕疵は治癒されるというべきであり、Ｘの主張⑴は、理由がない。

　⑵　Ｘの主張⑵について
　Ｘは、本件招集通知は会社法181条1項に基づく通知には当たらないと主張する。しかし、同項に基づく通知の趣旨は、株主に株式併合を予告して権利行使の機会を与える点にあるから、株主が会社法180条2項各号の事項を了知できる方法で通知すれば足り、一通の書面で複数の規定に基づく通知を兼ねることも可能であると解される。そして、上記のように解する限り、同項各号の事項が記載された本件招集通知は、会社法181条1項に基づく通知を兼ねているといえる。
　したがって、Ｙは、本件招集通知の送付をもって同項の通知をしているから、Ｘの主張⑵は、理由がない。

　⑶　Ｘの主張⑶について
　Ｘの主張⑶は、Ｙが会社法181条1項に基づく通知をしていないことを前提として、株式併合の承認決議から効力発生日までの期間が8日間であり、同法182条の4の3項記載の20日に満たないことが同項及び同条4項違反に当たる旨をいうものであると解される。
　しかし、Ｙが本件招集通知の送付（平成31年4月23日）をもって全株主に対して会社法181条1項の通知をしていると認められることは、上記（中略）で判示したとおりであるから、Ｘの主張⑶は、前提を欠くものである上、本件株式併合の効力発生日（令和元年5月17日）の20日前までに上記の通知が行われているから、同法182条の4の3項及び同4項違反に当たる旨のＸの主張⑶は、理由がない。

　⑷　Ｘの主張⑷について
　Ｘは、Ｙが本件株式併合に係る所定の事前開示事項において貸借対照表を開示せず、または最終事業年度における貸借対照表をＹの本店に備え置かなかったことが会社法施行規則33条の9の第2号ロに違反し、決議取消事由を構成すると主張する。
　しかし、会社法施行規則33条の9の第2号ロは、株式会社が最終事業年度を定めていない場合の貸借対照表の開示義務を定めるのみであるから、最終事業年度がある株式会社には適用されない。
　そして、Ｙは最終事業年度を定めているから（中略）、会社法施行規則33条の9の第2号ロは適用されない。
　したがって、Ｘの主張⑷は、理由がない。

　⑸　Ｘの主張⑸について
　Ｘは、Ｙが平成31年4月23日に実施した自己株式の消却が「重要な財産の処分、重大な債務の負担その他の会社財産の状況に重要な影響を与える事象」（会社法施行規則33条の9の第2号イ）に該当するとして、Ｙが本件株式併合に係る事前開示書面及び事後開示書面において当該自己株式の消却を記載しなかったことが、決議取消事由を構成すると主張する。しかし、会社法施行規則33条の9の第2号イの趣旨は、会社財産に重要な影響を与える事象を開示させることにより、1株当たりの価値の算定の参考となる情報を株主に提供する点にある。そして、自己株式には配当請求権や共益権がないこと（会社法453条、308条2項）、自己株式処分をする場合には新株発行と同様の規律に服すること（会社法199条参照）及び自己株式は貸借対照表の純資産の部の株主資本に係る項目の中で控除項目として表示され（会社計算規則76条2項5号）その資産性が否定されていることなどからすると、自己株式が消却されても1株当たりの価値の算定には影響しないと解するべきである。
　　　
　したがって、自己株式の消却は、「会社財産の状況に重要な影響を与える事象」（会社法施行規則33条の9の第2号イ）に当たらず、Ｘの主張⑸は、理由がない。

　⑹　Ｘの主張⑹について
　Ｘは、本件創業家取締役らがＹの立場において特別利害関係人として本件株式併合にかかる本件株主らとの協議ないし交渉に参加したことを前提として、Ｙが本件株主総会の参考書類に虚偽の事実を記載した旨を主張する。そして、Ｘは、本件創業家取締役らがＹの立場において上記協議ないし交渉に参加したことを窺わせる事情として、本件株式併合に係る端数処理交付見込額がＹ純資産と乖離していることを主張する。
　確かに、第1回株式併合及び本件株式併合は、Ｙ株主を本件株主らのみとするＹの非公開化を目的とした一連の取引であり、本件創業家取締役らは、本件株式併合後も継続してＹの株主となる本件株主らの株主又は取締役であるから、上記各株式併合についてＹと類型的な利益相反関係にあった（中略）。
　しかし、Ｙは、第1回株式併合の実施及び第1回株式併合の諸条件等の決定手続における公平性を担保すべく、リーガル・アドバイザーとしてｆ法律事務所を選任してＹの取締役会の意思決定の方法及び過程等について法的助言を受けつつ、本件株主らとの上記協議ないし交渉に臨んでいる上、端数処理交付見込額の公正性を担保すべく第三者算定機関としてみずほ証券株式会社を選任し、Ｙ及び本件株主らから独立した外部の有識者を構成員とする第三者委員会を設置し、複数回にわたる協議・検討を経た上で本件端数処理交付額を1株あたり6750円と決定している（中略）。
　そして、本件株式併合の端数処理交付見込額は、3億3643万3500円（6750円×第1回併合前の4万9842株）であり、この金額は、第1回株式併合の端数処理交付見込額と実質的に同額である（中略）。
　このように、第1回株式併合においては、株式併合の公正性を担保するための措置が講じられ、客観的にみて公正な手続が実質的に履践された上で端数処理交付見込額が定められているから、第1回株式併合と日時が近接し、株式併合の目的を同じくする本件株式併合においても、特段の事情がない限り上記手続で定められた端数処理交付金額を尊重すべきである。
　したがって、本件株式併合の端数処理交付見込額がＹ純資産額と乖離しているとしても、かかる見込額が著しく不公正であるとはいえず、本件創業家取締役らがＹの立場において上記協議ないし交渉に参加したことを認めるに足りる証拠はない。
　よって、Ｘの主張⑹は、理由がない。

　⑺　Ｘの主張⑺について
　Ｘは、本件株主総会にＹ取締役6名中3名が欠席したことをもって、欠席取締役に説明義務違反（会社法314条）が存在する旨を主張する。しかし、取締役の説明義務は、「株主総会において、株主から特定の事項について説明を求められた場合」（同条）に生じるものであるところ、Ｘは、本件株主総会において取締役に説明を求めた事実及び取締役が説明を拒絶した事実を何ら主張・立証していないから、Ｘの主張⑺は、理由がない。

　⑻　Ｘの主張⑻について
　Ｘは、本件各決議において、本件株主らが特別利害関係人として議決権を行使したことにより、Ｙ純資産に満たない端数処理交付見込額での本件株式併合の承認決議が行われ、Ｘにとって「著しく不当な決議」（会社法831条1項3号）がされたから、かかる事実が決議取消事由に当たる旨を主張する。
　しかし、本件株式併合の端数処理交付見込額が著しく不公正とはいえないことは、前記⑹で判示したとおりであるから、本件株式併合の承認決議は、「著しく不当な決議」（会社法831条1項3号）とは認められない。
　したがって、Ｘの主張⑻は、理由がない。

　⑼　Ｘの主張⑼について
　株主総会決議取消しの訴えを提起した後、会社法831条1項所定の期間経過後に新たな取消事由を追加主張することは許されないと解されるところ（最判昭和51年12月24日第二小法廷判決・民集30巻11号1076頁参照）、Ｘは訴状において、特別利害関係人が議決権行使をしたことが決議取消事由を構成する旨を記載するが、同訴状において特別利害関係人の氏名は明らかにされておらず、訴状訂正申立書において特別利害関係人として主張されたのは、本件株主らのみである（Ｘの主張⑻）。一方、Ｘの主張⑼は、令和2年1月15日にＸより提出された「準備書面1」と題する書面において初めて記載され、その後、第3回口頭弁論期日において主張されるに至ったものであることは当裁判所に顕著な事実であって、同事由に係るＸの主張は、本件訴えの提訴期間請求後になされたものであるというべきであるから、Ｘが同主張をすることは許されない。